YOU SAID:

the missile knows where it is at all times, it know this because it knows where it isn't

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ミサイルは自分がどこにあるかを常に知っている、ミサイルは自分がどこにないのかを知っているのでこれを知っている

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The missile always knows where it is, the missile knows this because it knows where it is not.

INTO JAPANESE

ミサイルは常に自分がどこにあるかを知っていますが、ミサイルは自分がどこにないかを知っているのでそれを知っています。

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The missile always knows where it is, but the missile knows it because it knows where it is not.

INTO JAPANESE

ミサイルは常にそれがどこにあるかを知っていますが、ミサイルはそれがどこにないかを知っているのでそれを知っています。

BACK INTO ENGLISH

The missile always knows where it is, but the missile knows it because it knows where it is not.