YOU SAID:
会社 は 何 へ で 行っていますか
INTO JAPANESE
会社 は 何 へ で 行っていますか
BACK INTO ENGLISH
What is the company doing?
INTO JAPANESE
会社は何をしているのですか?
BACK INTO ENGLISH
What does the company do?
INTO JAPANESE
その会社は何をしているのですか?
BACK INTO ENGLISH
What does the company do?
That didn't even make that much sense in English.